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什么是BNA

  天然核酸的化学结构具有更高的自由度,该特征不利于DNA-DNARNA-RNA双链形成(杂交),并且经常受到内切酶和外切核酸酶的降解。对于高度敏感的基因靶向应用,改善结合亲和力(杂交能力)的问题有待解决。桥连核酸Bridged nucleic acid 2',4'-BNANC (2'-O,4'-aminoethylene bridged nucleic acid)是含有具有NO键的六元桥连结构的化合物。这种新的核酸类似物可以合成并掺入到寡核苷酸中。与早期的LNA相比,BNA被发现拥有:


  • PNALNA相比改进了杂交选择性和特异性

  • 非常适合检测短RNADNA靶标

  • 促进Tm正常化

  • 增加双工热双工稳定性

  • 提高三重线的热稳定性

  • 能够进行单核苷酸区分

  • 对外切和内切核酸酶的抗性导致体内和体外应用的高生物稳定性

  • 优越的反义抑制和效力

  • 链入侵可以检测到难以访问的样本

  • 无论GC含量如何,灵活的探头设计

  • 很容易适应许多DNARNA检测系统


基于上述结果,BNA在反义和反基因技术应用方面显示出巨大的前景。BNA可以很容易地掺入到寡核苷酸链中。该特征允许设计BNA杂交寡核苷酸以满足对核酸进行非常高的序列特异性杂交的需要。另外,BNA具有强烈的核酸酶抗性。由于这些卓越的性能,科肽公司现在提供第三代BNABNA NC)。

 
BNA寡核苷酸的合成

      BNA寡核苷酸在引物和探针的设计中允许更大的灵活性。它们可以使用标准亚磷酰胺合成化学与DNA,RNA和其他核酸类似物混合。BNA寡核苷酸也容易用标准寡核苷酸标签如DIG,荧光染料,生物素,氨基连接体等标记或修饰。

 
       基本BNALNA和天然RNA碱基的结构

      


设计原则

 

       BNA寡核苷酸(BNA3)可以用100BNA3碱基或BNA / DNABNA / RNA碱基或其他嵌合设计的混合物合成。然而,只有 长度在710个之间的寡核苷酸可以由100BNA组成。如果寡核苷酸更长,100BNA寡核苷酸可能与自身(自补)紧密结合,而不是与靶序列结合。因此,对于长度超过15个碱基的寡核苷酸,我们建议在寡核苷酸长度增加时降低BNA含量,如下所示:
  


BNA寡核苷酸的长度

7-10mers

11-25 mers

26-40 mers

41-60 mers

BNA的百分比

>100

>50

>40

>20


如果需要更长的序列,我们可以合成客户现有的设计作为嵌合体与BNA碱基混合DNA基硫代磷酸酯修饰,留下BNA侧翼磷酸二酯与BNA碱基连接。这是我们合成更长序列的唯一方法。


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